داستان اعدام یک مرجع تیز بین که برای حفظ جان نیز حاضر به پناهندگی به بیگانه نشد توسط یک روحانی فریب خورده مشروطه (شیخ ابراهیم زنجانی فراماسونری تحت نفوذ تقی زاده که خودش مرید ادوارد براون بود).
از آغاز دوران استبداد صغیر و توپ بستن مجلس بهدست لیاخوف روسی و به فرمان محمدعلی شاه قاجار، موجی از دستگیری سران نهضت مشروطه آغاز میشود. در این دوره به شیخ فضلالله پیشنهاد شد تا برای تأمین جانی و مالی به سفارت روس پناهنده شود، اما او نپذیرفت.
این چنین بود که خانه شیخ فضلالله نوری در روز ۸ مردادماه توسط گروهی از مشروطهخواهان محاصره شد.
وی را سه روز در کاخ گلستان در بازداشت نگه داشتند و سرانجام در روز ۱۱ مرداد ماه پس از محاکمهای کوتاه توسط شیخ ابراهیم به اعدام محکوم شد.
نکتهای که این موضوع را در تاریخ ماندگار کرده است دلایل بسیاری دارد برای مثال شخصی که در این روز به دار آویخته شد مجتهدی پر نفوذ و نامدار بود که جزء شاگرد برجسته میرزای شیرازی محسوب میشد و محاکمه گران هم غالبا عضو لژهای ماسونی مخصوصا «لژ بیداری ایران» بودند.
.رئیس نظمیه (یپرم خان ارمنی از حزب دایشناک) حکم را جاری کرد و او فردی بود که بهترین تفریحش آدم کشی محسوب میشد.
همچنین این اتفاق در روز میلاد امیرالمؤمنین (ع)، در برابر چشم تماشاچیان رخ داد و حتی به پیکر ایشان هم اهانت شد. تا جایی که شاهدان گفتهاند « طناب دار به گردن وی انداخته شد و لحظاتی بعد پیکر بی جان وی برفراز دار باقی مانده بود. دسته موزیک شروع به نواختن کرد، تند رو های مشروطه کف میزدند و شادی میکردند و چه بی احترامیهایی که به جنازهی شیخ نکردند. پس از اینکه آقا، جان تسلیم کرد، دسته موزیک نظمیه پای دار آمد و همان جا وسط حلقه شروع کرد به زدن. برخی از مشروطه خواهان غیر مذهبی با تفنگهایشان همین طور میرقصیدند. شنیدم که بعضیها میگفتند از بالای ایوان نظمیه یک کسی فریاد کشید و به مردم گفت که همچنین دست بزنید که صدایش توی سفارت به گوشش برسه! ” یعنی به گوش محمدعلی شاه.
در اثر تلاطم و طوفان که دائماً جسد را بالای دار تکان میداد، یک مرتبه طناب از گردن آقا پاره شد و نعش گُرپی به زمین افتاد!
جنازه را آوردند توی حیاط نظمیه همه نظمیه چی ها میخواستند خود را به جنازه برسانند؛ دور نعش را گرفتند؛ با بی رحمی و توحش آن قدر با قنداقه تفنگ و لگد به نعش آقا زدند که خونابه از سر و صورت و دماغ و دهنش روی گونهها و محاسنش سرازیر شد. هر که هرچه در دست داشت میزد؛ آنهایی که دستشان به نعش نمیرسید، تف میانداختند.
پس از چندی مشخص شد که شیخ ابراهیم زنجانی به دروغ اعلام کرد که آخوند خراسانی در حکمی شیخ فضل الله را مستحق اعدام شمرده است، زیرا آخوند با شنیدن خبر مرگ شیخ، به شدت اندوهگین شد و برای ایشان در منزل خویش مراسم فاتحه برگزار کرد.
از قول یکی از محترمین زنجان نقل شده است که: وی بعد از اعدام شیخ فضل الله به حدی در زنجان منفور شد که دیگر نتوانست آن جا بماند.
قبح این عمل به حدی بود که خود زنجانی از انتساب آن به خویش میریخت.