یکی از پیامدهای عملیات طوفان الاقصی، «تشدید شکاف و بیاعتمادی» در لایههای مختلف نهادهای امنیتی و نظامی رژیم صهیونیستی است. پیش از این عملیات، ارتش رژیم و بهخصوص نیروی هوایی آن شاهد «اعتصاب» بود که کار به تصفیه ژنرالهای ردهبالا هم رسید. از سوی دیگر اختلاف میان سازمان امنیت داخلی (شاباک) و وزیر امنیت داخلی (بنگویر) نیز علنی شده بود. بعد از این عملیات، میزان شکاف و بیاعتمادی به جایی رسیده که عملاً کارکرد این نهادها را مختل کرده است و باعث شده است رهبران درجهاول سیاسی، در نهادهای خاص امنیتی دست به دامان آمریکاییها شوند.
هفتۀ گذشته نتانیاهو نخستوزیر رژیم صهیونیستی در توئیتی رسماً رؤسای سازمانهای امنیتی رژیم را مسئول ضربۀ عملیات طوفان الاقصی معرفی کرد اما با گذشت حدود 9 ساعت از انتشار، بهدلیل حجم فشارها و گسترش اختلافها، مجبور به حذف آن توئیت شد.
برخی منابع به تسنیم گفتند که تهدید هستهای مردم غزه توسط بعضی مقامات صهیونیستی نیز با هماهنگی مدیران آمریکایی این مجموعهها صورت گرفته است.
چند روز پیش، وزیر میراث فرهنگی رژیم اسرائیل در اظهاراتی گفت که «انداختن بمب اتم روی غزه یکی از گزینههای کابینه جنگ اسرائیل است.»